Một số giáo phái Tin Lành, cũng như Giáo hội Công giáo La Mã có mặt trong tất cả các bang Micronesia. Hầu hết các nhóm Tin Lành có nguồn gốc truyền giáo từ giáo phái Congregationalist ở Mỹ. Trên đảo Kosrae, dân số khoảng 7.800 người với 95% theo đạo Tin Lành. Đảo Pohnpei có dân số 35.000 người được chia đều giữa Tin Lành và Công giáo. Người Chuuk và Yap được ước tính có khoảng 60% là Công giáo và Tin Lành là 40%. Các nhóm tôn giáo nhỏ bao gồm Báp-tít, Giáo hội Cơ Đốc Phục Lâm, Nhân chứng Jehovah, Mặc Môn và Đức Tin Bahá'i. Có một nhóm nhỏ Phật giáo trên đảo Pohnpei.

Hầu hết những người nhập cư là người Công giáo Philippines đã tham gia nhà thờ Công giáo địa phương. Giáo hội Iglesia ni Cristo Philippines cũng có một nhà thờ ở Pohnpei. Trong những năm 1890, trên đảo Pohnpei đã xảy ra xung đột tôn giáo và sắc tộc dẫn đến sự chia rẽ tôn giáo cùng sắc tộc tồn tại đến ngày nay với người Tin Lành sống ở phía tây của hòn đảo, trong khi người Công giáo ít hơn sống ở phía đông. Thừa sai của nhiều truyền thống tôn giáo có mặt và được hoạt động tự do. Hiến pháp quy định quyền tự do tôn giáo, và chính phủ nói chung tôn trọng quyền này trong thực tế.[6]